辣椒的病害主要是疫病、根腐病和青枯病。

一、辣椒疫病

辣椒疫病是卵菌病害，贯穿辣椒整个生命周期，且根、茎、叶、果实各部位均可感染，尤其是成株期到青果期之间根茎叶更是病害高发的部位。处理办法：除了闷棚杀菌等的预处理方法外，还可以使用生物药剂处理。辣椒疫病目前用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或等量式波尔多液200倍液喷雾进行初期灌根预防，或者中后期轮换灌根治疗等。

二、辣椒根腐病

根腐病也是辣椒的主要病害，由腐皮镰孢霉引起，主要危害辣椒的根茎和维管束，且该病菌还容易隐藏，白天枯萎，早晚恢复。发病时，从幼叶尤其是顶部叶片向枝干传递，坐果期染病概率更高。根据染病特点，使用硫酸铜晶体或120抗菌剂按每亩1-2千克的量随水浇灌，或者45%百菌清烟雾剂250-300克/亩，或5%百菌清粉尘剂1千克/亩。

三、辣椒青枯病

辣椒青枯病也是土传病的主力军，由茄假单胞杆状细菌侵染引起，局部发病，全株感染。主要是通过伤口进入辣椒体内，潜伏至成株,温度合适，发病急促三天可致植株死亡。主要使用高锰酸钾600倍液，或硫酸铜1000倍液减轻病害，不能根除，目前没有特效药预防。