内设科室：办公室（人事科、财务审计科）、水利规划建设科（三峡移民科、水土保持科）、水资源管理科（政策法规科、行政服务科）、河长制工作科（工管管理科）

局属单位：海安市水旱灾害防御中心、海安市水政监察大队、海安市水利工程建设质量与安全监督站、海安市城市防洪工程运行管理中心

下属单位：海安市北凌新闸管理所、海安市堤防管理所、海安市丁堡闸管理所、海安市贲家集水利枢纽工程管理所、海安市焦港北闸管理所、海安市水利局角斜水利服务站、海安市水利局李堡水利服务站、海安市水利局大公水利服务站、海安市水利局城东水利服务站、海安市水利局海安高新区水利服务站、海安市水利局雅周水利服务站、海安市水利局曲塘水利服务站、海安市水利局南莫水利服务站、海安市水利局白甸水利服务站、海安市水利局墩头水利服务站