内设科室：办公室（人事科、财务审计科）、水利规划建设科（三峡移民科、水土保持科）、水资源管理科（政策法规科、行政服务科）、河长制工作科（工程管理科）

局属单位：海安市水利工程质量与安全监督中心、海安市水旱灾害防御中心（海安市城市防洪运行中心）、海安市水利管理服务中心、海安市水利堤闸管理中心