海安是南通成陆最早的地方之一，早在6000多年前的新石器时代，海安沙岗青墩一带已有人类居住。西周到战国，海安地区先后为吴、越、楚属地；秦时，隶属九江郡；汉初，为吴王刘濞的属地。东晋义熙七年（411年），分广陵郡，立海陵郡置宁海县。南朝宋泰始七年（471年）析宁海县西境置海安县（即今县），治所在今海安镇，属侨新平郡。海安县历史上曾数建数废。南齐永明五年（487年）海安县属海陵郡，不久海安县废，地域仍属宁海县。唐高祖武德九年（626年），宁海县并入海陵县，属扬州。中宗景龙二年（708年）析海陵县东境复建海安县，属淮南道扬州。开元十年（722年），海安县又并入海陵县，仍隶属扬州，这以后，海安地域又先后多次分属泰州、泰县、如皋等地。五代十国时南唐昇元元年（937年）升海陵为县置泰州。宋海陵县建置未变，海安、西溪（东台）为海陵县二大镇之一。北宋设泰州军，元代设泰州路总管府，下辖海陵县。明朝初年海陵县省入泰州，上属扬州府，清代相沿不变。清朝乾隆三十三年（1768年），析泰州之东北境置东台县，至此今海安境域之东南部在如皋县境，上属通州，北部在东台县境，中部、西部仍在泰州境，上属扬州。

1940年，新四军东进，在海安镇建立泰县抗日民主政府。1943年1月，我党在泰县、东台、如皋三县交界处建紫石县，县政府设在沙岗莫家庄。1948年3月，紫石县更名为海安县，属苏中第一行政区。

1949年1月20日，海安全境解放，县政府迁回海安镇。1949年2月后，姜北、白米、城东三区划归泰县，台南划归东台，河东地区的李堡、角斜、西场、噇口区以及河南地区的雅周、曲南、海南等地复归海安县。1949年6月，全县下辖李堡、西场、噇口、海安、雅周、曲南、胡集、沙岗、仇湖11个区，属苏北行署泰州行政区。

1950年海安县划归苏北行署南通行政区。全县辖172个乡。1952年调整为154个。1956年5月如东县景安区陈庄乡划归海安县。全县调整为73个乡，设7个区，3个县属镇。

1957年10月撤销区建制，调整为36个乡。

1958年10月，撤乡建社，实行公社化，全县辖30个人民公社。1959年2月，曲塘公社划为胡集、双楼、青萍、花庄、李庄、曲塘6个公社，南莫划分为南莫、邓庄公社。1959年4月，如东旧场公社划归海安。同年，曲塘建镇，划出章郭公社。1961年，李堡公社划分为曹园、李堡公社，田庄划分为田庄、海南公社。1962年，旧场公社划分为旧场、渔业公社。1975年10月，新海农场改为新海公社。

1983年撤社建乡，全县辖40个乡，3个镇。

1986年李堡乡并入李堡镇，角斜、西场、胡集、南莫、墩头撤乡建镇。

1992年5月，大公、隆政、双楼、雅周、仁桥撤乡建镇；撤销烈士乡，在原域设吉庆镇。

1995年，沿口、仇湖撤乡建镇。1995年11月，海北、海南、田庄三乡并入海安镇，旧场乡并入老坝港乡，曹园乡并入李堡镇，双溪乡并入墩头镇、花庄乡并入曲塘镇，邓庄乡并入南莫镇。

2000年，北凌乡并入大公镇，青萍乡并入胡集镇，沿口镇并入角斜镇，丁所乡并入李堡镇，壮志乡并入西场镇。

2001年1月，撤销韩洋乡、新生乡，合并设立洋蛮河镇；撤销立发乡、南屏乡，合并设立城东镇，与海安经济开发区合署办公；撤销白甸乡、瓦甸乡，合并设立白甸镇；沙岗乡并入南莫镇；李庄乡并入曲塘镇；王垛乡、张垛乡并入雅周镇。全县辖22个乡镇， 217个行政村（其中天鹅村由海安农场代管），5120个村民小组，73个居民委员会，5个国营场圃。

2002年4月，老坝港撤乡建镇。

2004年7月，隆政镇并入海安镇，洋蛮河镇并入城东镇，古贲乡并入大公镇，章郭乡、双楼镇并入曲塘镇，吉庆镇、仇湖镇并入墩头镇；撤销营溪乡、仁桥镇，合并设立孙庄镇，镇政府设于原营溪孙庄集镇。全县乡镇行政区划调整合并为14个镇：老坝港镇、角斜镇、李堡镇、西场镇、大公镇、城东镇、海安镇、孙庄镇、雅周镇、曲塘镇、胡集镇、南莫镇、白甸镇、墩头镇。

2011年，胡集镇、孙庄镇并入海安镇，西场镇并入城东镇，老坝港镇并入角斜镇。全县辖10镇1场：角斜镇、李堡镇、大公镇、海安镇、城东镇、雅周镇、曲塘镇、南莫镇、白甸镇、墩头镇，海安农场。

2015年6月，撤销海安镇，设立海安县中城、南城、西城、北城四个街道。全县辖9镇4街1场，分别为：角斜镇、李堡镇、大公镇、城东镇、雅周镇、曲塘镇、南莫镇、白甸镇、墩头镇，中城街道、南城街道、西城街道、北城街道，海安农场。

2018年，经国务院批准，撤销海安县，设立县级海安市。原有乡镇（街道）行政区划不变。