根据海委发【2015】10号《关于推动文化建设迈上新台阶的实施意见》文件精神，海安县委、县政府于2016年正式启动青墩遗址博物馆建设，并将该项目列入县“十三五”规划，以进一步推进青墩遗址的保护和利用，提升青墩文化影响力。
2016年6月，县政府批复同意青墩遗址博物馆建设方案，青墩遗址博物馆投资规模2000万元，占地面积10000平方米，建筑面积2000平方米，选址于青墩村3组护国寺东侧。
    2016年10月，招投标确定青墩遗址博物馆概念性设计方案及设计单位，12月份完成建设地块土地征用工作。
    2017年3月份，县规划委员会审批通过青墩遗址博物馆设计方案。
    经过前期立项审批、图纸审查等各项手续的办理，青墩遗址博物馆主体建设工程2017年8月份由县代建中心公开招标确定了施工单位，并于2017年9月18日正式破土动工。
    截至2017年12月13日，主体建设工程已封顶，2018年将完成外立面幕墙、管网及景观绿化以及内部装修、布展、安防等其他工程项目，计划于2018年底建成青墩遗址博物馆并对外开放。