海安高新区由原海安、胡集、田庄、青萍、海南、营溪、仁桥、海北、隆政等9个乡镇合并而成。2001年，海安县政府批准原海安镇设立海安工业园区（海政〔2001〕80号）。2008年，海安县政府推动海安工业园区与胡集园区、孙庄园区联动发展（海政发〔2008〕6号）。2010年，海安县委、县政府设立海安工业园区党工委、管委会，为县委、县政府派出机构。2011年，经省政府批准，海安县撤销海安镇、胡集镇、孙庄镇，设立新的海安镇，县委、县政府按照“区镇合一、突出园区、全面融合、一步到位”的指导思想，将海安工业园区更名为海安高新技术产业开发区（简称“海安高新区”），海安高新区党工委、管委会与新设立的海安镇党委、政府实行“两块牌子、一套班子”。2012年8月，省政府批准在海安县海安镇筹建江苏省海安高新技术产业开发区。2016年1月，经省政府批准，海安县撤销海安镇，设立中城、南城、西城、北城街道。海安高新区与四个街道实行一体化运行机制。2018年9月，根据《省政府关于设立江苏南通通州湾经济开发区等26家省级开发区的批复》（苏政复〔2018〕82号），省政府同意设立江苏省海安高新技术产业开发区为省级开发区，并批准确定管理机构名称为海安高新区，管理机构性质为机关，管理机构规格为副处级。2020年5月，海安市委、市政府根据省委办公厅、省政府办公厅《关于推进基层整合审批服务执法力量的实施方案》《江苏省省级以上开发机构编制管理暂行办法》和南通市委、市政府《关于进一步优化提升省级以上开发区管理体制机制的指导意见》精神，将中城、西城、南城、北城街道更名调整为海安、胡集、孙庄、隆政街道，重新明确了区街职能。2021年4月，海安市委、市政府进一步优化了高新区与街道运行机制，实现一体化融合。

目前，海安高新区党工委、管委会内设9个职能机构：党政办公室（区域治理现代化指挥中心、网格化服务管理中心、审计办公室）、党群工作局、经济发展局（科技和人才工作局、现代服务业局）、财政局、建设局、招商局、投资促进局（重大项目推进管理办公室）、安全生产监督管理局、行政审批局；4个管理办公室：江苏省海安高新区产业开发区高科技创业园管理办公室（正科级）、海安电子信息产业园管理办公室（副科级）、海安时尚锦纶产业园管理办公室（副科级）、海安市现代农业产业园管理办公室（副科级，市农业农村局挂靠）；2个全额拨款事业单位：海安高新技术产业开发区综合服务中心和海安高新技术产业开发区招商中心。