（一）办公室（人事教育科）。负责局机关文电、会务、机要等日常政务运转工作；承担文稿审核、信息宣传、新闻发布、 档案、安全保密等工作；牵头负责信息化建设；负责计算机网络使用、维护和安全管理；负责局机关、事业单位财务、资产管理及后勤服务工作；牵头负责机关制度建设、政务公开；牵头负责机关督办工作和工作业绩考核；牵头负责财政科研工作。负责本系统的机构编制、干部人事管理工作；拟订并组织实施全市财政系统的干部教育、培训规划；抓好全系统人员的思想政治工作和精神文明建设；负责局机关、事业单位离退休人员管理。
（二）预算科（税政法规科）。分析研究财政经济形势，拟订财政支持经济社会发展的政策措施；研究提出财政政策、财政体制、预算管理制度和中长期财政发展规划的建议；拟订预算考核有关办法，组织预算分析预测；拟订财政收入政策和市级支出预算管理办法，组织编制年度市级预算草案和本级预算调整草案，办理预算调整事项；汇总年度全市预算；组织开展市级部门预算审核、批复；承担市本级部门支出标准体系建设及部门预算项目库管理工作；牵头编制市本级基本建设资金预算、政府性基金预算；负责税务经费的管理；牵头组织预算、决算公开工作；提出增收节支和平衡财政收支的政策措施与建议；负责市本级预算指标的管理；承担市财政与省财政结算、市对区镇的财政转移支付和结算工作，落实市对区镇的各类财政政策。贯彻落实国家税收政策法规，在权限范围内研究提出税收政策调整建议；研究提出税制改革、税目税率调整、减免税等建议；分析评估税收政策执行情况；组织开展税源调查工作；监督税收法规和政策的执行；贯彻落实税收减免、退税、税收返还有关工作；组织起草、审核上报有关财政、税收方面的规范性文件；承担财政政策规范性文件和具体行政行为的合法性审查工作；承担国家赔偿费用管理工作；牵头负责财政行政执法工作；牵头组织、 监督、协调行政处罚、行政复议、行政诉讼等有关工作；负责财政法治宣传教育工作。
（三）国库科（综合科）。拟订国库管理和国库集中收付制度并组织实施，指导和监督国库市支库业务；牵头实施市本级预算执行管理工作，实施动态监控；管理财政和预算单位账户，管理国库和财政专户资金；组织编制财政总决算、部门决算和政府财务报告；实施总预算会计管理，负责市本级财政资金的核算、 管理和调度；负责综合性财政统计工作；负责财政审计相关工作； 拟订全市非税收入政策，承担政府性基金、行政事业性收费管理相关工作；负责管理财政票据。
（四）绩效管理科（会计科、财政监督检查科、行政服务科、 政府采购管理科）。研究建立全方位、全过程、全覆盖的预算绩效管理体系；拟订预算绩效管理政策、制度和实施办法；组织开展市级财政资金预算绩效目标管理、绩效运行监控、绩效评价等 工作；组织和指导市级部门（单位）开展预算绩效管理工作；指导区镇开展预算绩效管理工作。管理全市会计工作；组织实施国家统一的会计制度；监督和规范会计行为；负责全市会计人员管理，推进会计人才队伍建设，按规定承担会计专业技术资格管理工作；牵头组织行政事业单位及国有企业内部控制制度管理；指导和推广实施会计信息化标准；承担会计代理记账机构行政许可审批事项工作；指导和监督代理记账机构业务工作。拟订财政监督检查政策制度；建立健全“大监督”机制，牵头组织财政监督检查工作；承担财税法律法规、规章及政策执行情况、预算管理有关监督工作；承担局机关及所属单位内部监督和审计工作；承担会计信息质量监督工作；协助上级财政部门监督注册会计师行业、资产评估行业执业质量；牵头局机关内部控制制度建设。受理违反财经纪律方面的举报，依法查处违反财经纪律方面的举报，依法查处违反财经纪律行为。负责财政系统党风廉政建设日常工作。依法依规履行 政府采购监督管理职责。
（五）文教行政科（社会保障科）。承担文教行政单位部门预算、财政监督、财务管理、会计管理、绩效管理、政府采购、资产管理、各类专项资金管理等工作；监督有关部门、单位的财务运行和收支预算执行；具体负责归口部门、单位的年度预算和财务决算的审核和预算调整工作；拟定行政事业性经费开支标准和财务管理制度；贯彻执行国家政法经费保障政策制度，拟订地方配套政策并组织实施；拟订支持教育、文化、卫生等事业改革与发展的财政政策；协助监管彩票市场，按规定管理彩票公益金； 拟定和执行社会保障资金（基金）的财务管理制度；承担社会保障资金（基金）财政监管工作；审核和汇总社会保障资金预决算草案；参与养老保险基金和职业年金的委托投资运营工作；参与事业单位分类改革和绩效工资管理工作。
（六）农业农村科。承担农业农村、水利、扶贫等方面的部门预算、财政监督、会计管理、绩效管理、资产管理等有关工作；研究提出财政支持农业农村发展与改革的政策建议；拟订财政支农资金管理制度；贯彻执行农业、水利行业财务管理制度；牵头承担财政支持实施乡村振兴战略相关工作，承担农业发展专项资金管理工作；统筹管理财政扶贫资金；参与编制农业综合开发规划和年度计划，指导农业综合开发项目资金和财务的管理；指导全市区镇财政建设工作；承担农业保险相关管理工作。
（七）企业科（政府投资基金管理科）。承担发展改革、科技、商务、投资促进中心、市场监管、地方金融监管等方面的部门预算、财政监督、会计管理、绩效管理、资产管理等有关工作； 贯彻落实国家、省、南通市支持企业发展的各项政策；参与制定支持全市二、三产业发展及内外贸、金融业等发展的财政政策，并负责相关政策的考核兑现；监督管理粮食等专项政策性补贴和储备资金的使用；承担政府产业基金管理委员会的日常工作，履行相关职责。
（八）经济建设科。承担经济建设、自然资源、生态环境等单位部门预算、财政监督、会计管理、绩效管理、资产管理等有关工作；制定政府投资建设项目财政管理制度；负责建立政府投资建设项目库，研究开发项目库管理信息系统。负责制定政府投资项目财政评审相关管理制度，组织开展政府投资建设项目财政投资评审活动，实施项目全过程投资控制。参与住房保障政策研究及政策性补贴的审核发放工作；拟订公共交通运营补贴政策；负责土地出让金等专项资金管理工作；承担全市政府与社会资本合作相关管理工作。
（九）国资综合科。负责国资办内部管理；按照管理权限，负责所监管企业中层任免、人员招录、人员日常管理等；负责所监管企业董事会及董事队伍建设，做好外部董事日常管理工作；指导所监管企业人才工作、教育培训工作；负责所监管企业党的建设；指导和推进所监管企业意识形态工作、思想政治工作、企业文化建设工作等精神文明建设工作和履行社会责任。
（十）国有企业运营管理科。拟定国有企业经营监管相关制度，指导所监管企业建立健全会计和财务管理制度，监管市属直管国有企业资产保值增值；拟订国有资本经营预算有关制度，承办所监管企业财务预决算工作；负责所监管企业经营业绩考核及考核结果的应用；规范所监管企业工资分配管理，调控所监管企业工资分配水平，落实企业负责人薪酬制度和激励办法，规范所监管企业负责人履职待遇，提出所监管企业重大资产损失责任追究的意见建议；承担国有资产统计分析工作，组织所监管企业上交国有资本收益，指导所监管企业人才、教育培训等工作。对省级以上园区国有企业实施监管。
（十一）国有资产监督管理科。研究并推进国有企业改革方案，指导国有企业现代企业制度建设；拟订企业国有产权管理办法，承担所监管企业产权监管工作，对所监管企业重大投资进行监管，负责督促所监管企业安全生产等工作；拟订行政事业单位国有资产管理相关政策制度并组织实施，规范行政事业单位资产日常管理行为，负责国有资产产权界定、产权登记、产权纠纷调处；盘活、处置政府闲置资产，负责市直公物仓资产的日常管理，组织市直事业单位投资举办企业资产管理及收益收缴，负责国有企业改制未售资产的管理；牵头做好政府向人大报告国有资产管理工作。
（十二）政府债务管理科。拟订全市政府债务管理的政策措施并组织实施，承担政府债务余额限额管理和预算管理工作；组织开展地方政府债券申报、发行相关工作，做好地方政府债券还本付息及资金使用监管工作；承担全市政府隐性债务管理相关工作；贯彻执行国家关于外债管理的政策法规，参与我市利用国外贷款的有关工作；承担市政府性债务管理领导小组办公室的日常工作。
机关党总支。负责机关及所属单位的党群工作。